反滲透膜在運行過程中，會逐漸被濃水中的無機物、微生物、金屬氫氧化物、膠體和不溶有機物等所污染，當膜表面沉積物累積到一定程度后，產水量和脫鹽率就會下降到某一限值。
膜的污染是一個漸變過程，任其發展，終將損壞膜元件或降低其性能。所以應在早期采取措施，消除污染物。
常見的反滲透元件中的污染物主要有CaCO3、CaSO4、金屬氧化物、硅沉積物、有機物和生物粘泥。不同的污染物會對膜造成不同程度的損害，不同的污染物應該用不同的清洗液。
序號 | 污染物 | 特征 | 清洗液配方（kg藥劑/m3水） |
1 | 鈣類沉積物 （碳酸鈣和磷酸鈣一般發生在系統第二段） | 脫鹽率明顯下降、系統壓降增加、產水量稍降 | 檸檬酸（20.3），調節PH至3.0 |
2 | 氧化物 （鐵、鎳、銅等） | 脫鹽率明顯下降、系統壓降明顯增加、產水量明顯下降 | 檸檬酸（20.3），調節PH至3.0 |
3 | 膠體 | 脫鹽率稍有下降、系統壓降逐漸增加、產水量逐漸下降 | 三聚磷酸鈉（20.3）、EDTA（8.4），調節PH至10.0 |
4 | 硫酸鈣 （一般發生在系統第二段） | 脫鹽率明顯下降、系統壓降稍有或適度增加、產水量稍有下降 | 三聚磷酸鈉（20.3）、EDTA（8.4），調節PH至10.0 |
5 | 有機物 | 脫鹽率可能下降、系統壓降逐漸增加、產水量逐漸降低 | 三聚磷酸鈉（20.3）、EDTA（8.4）。 嚴重時用清洗液：三聚磷酸鈉（20.3）、十二烷基苯磺酸鈉（2.6），調節PH至10.0 |
6 | 細菌 | 脫鹽率可能下降、系統壓降明顯增加、產水量明顯降低 | 依據污染種類，可選擇： 1. 檸檬酸（20.3），調節PH至3.0 2.三聚磷酸鈉（20.3）、EDTA（8.4），調節PH至10.0。 3.三聚磷酸鈉（20.3）、十二烷基苯磺酸鈉（2.6），調節PH至10.0 |
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